Innerhalb des Wattengebiets haben sowohl Rottumerplaat wie Rottumeroog eine wichtige Funktion als Ruhe- und Nahrungsplätze für Vogelarten, die Strandflächen und Sandbänke bevorzugen. Beispiele hierfür sind der Sanderling, der Alpenstrandläufer und der Seeregenpfeifer. Auf Rottumerplaat und Rottumeroog brüten auch Küstenvögel in großer Anzahl. Beispiele hierfür sind die Eiderente, die Brandgans, die Küstenseeschwalbe, die Flußseeschwalbe, die Zwergseeschwalbe, der Seeregenpfeifer und der Sandregenpfeifer.
Seit auf Rottumerplaat fast keine Küstenschutzmaßnahmen mehr durchgeführt werden, also seit Anfang der '90er, hat vor allem die Brandseeschwalbe davon profitiert: Sie brütet seit 1996 auf dieser Insel. 1998 war es bereits eine große Brutkolonie mit 2335 Paaren von diesen seltenen Vögeln.
Die beiden Inseln und die südlicher gelegenen Wattplaten fallen unter die strengsten Bestimmungen des Naturschutzgesetzes der Niederlande. Rottumerplaat ist das ganze Jahr über für Besucher gesperrt. Vom 25. April bis zum 18. August, sowie an den Wochenenden der Vor- und Nachsaison, werden die Inseln bewacht.
Die Wattenlandschaft südlich von Rottumeroog und Rottumerplaat ist für die Muschelfischerei unzugänglich. Auch die NAM (Niederländische Erdölgesellschaft) darf hier keine definitiven Aktivitäten unternehmen: die Förderung der Erdgasvorräte in der Nähe der Inseln hat von der Nordsee aus zu erfolgen.
Auf Rottumerplaat stehen zwei Gebäude: der Aussichtsturm und ein Gebäude von Staatsbosbeheer. Da kommen die Volontäre unter, die als große Ausnahme auf der Insel bleiben dürfen, um die Natur zu inventarisieren.
