Ein kritischer Punkt bei der heutigen Aquakultur ist der enorme Verbrauch an eiweißreicher Nahrung, welche letztlich aus dem Fischmehl der Industriefischerei stammt. Für eine Tonne Lachs sind 3,3 Tonnen Sandaal und Sprotten zu Fischmehl verarbeitet worden. Die Idee, dass Fischzucht den Fischereidruck auf Fischbestände entlasten soll, wird damit sehr hart auf die Probe gestellt. 2003 wurde ein Drittel der 96 Millionen Tonnen Fisch, die jährlich gefangen werden, für die Produktion von Fischfutter verwendet. Gegenwärtig wird häufig Krill als Alternative für Fisch im Futter eingesetzt. Aber diese kleine Garnele, die dafür in großen Mengen in den kalten Gewässern des Südpols gefangen wird, ist auch eine der Hauptnahrungsquellen für die Wale. Wenn immer mehr Krill gebraucht wird, wird dies früher oder später Folgen für den Walbestand haben. Momentan laufen Studien über die Verwendung von vegetarischem Fischfutter, so dient Sojaöl schon jetzt teilweise als Ersatz für Fischöl. Biologischer Zuchtlachs wird mit Abfällen der fischverarbeitenden Industrien gefüttert.
Wissenschaftler der Stanford University of California warnten 2000, dass die Aufzucht von Fischen in Gefangenschaft eine Gefahr für den Weltvorrat an Fisch darstellt. Die Ozeane werden leergefischt, um die fischfressenden Exemplare in den Fischzuchten zu füttern. Die Wissenschaftler raten dazu, nach kommerziell verwertbaren Fischen zu suchen, die nur Pflanzen fressen. Eine andere Lösung wäre, den Fischen ohnehin vegetarisches Futter zu geben. Laut RIVO kann Kabeljau sehr gut mit einer Diät aus Leinöl und Soja gedeihen. 'Vegetarische Fische' enthalten weniger gesunde Fettsäuren als fischfressende Fische, aber es ist noch immer gesünder als Fleisch.
Bei der Fischzucht werden oft Medikamente eingesetzt, um die Gesundheit der dicht aufeinander gehaltenen Fische zu erhalten. Reste dieser Medikamente bleiben im Fisch und werden somit auch vom Endverbraucher verzehrt. Die nicht aufgenommenen Medikamente und die Reste in den Ausscheidungen der Fische gelangen ins Meer. Die niederländische Vereinigung der Fischzüchter ist sich dieses Problemes bewusst und rät ihren Mitgliedern, für eine gute Registrierung der Medikamente und für eine gute Betriebsführung zu sorgen, so dass der Anteil von Medikamentenresten in den Fischen so gering wie möglich bleibt. Nutreco verwendet schon seit 1995 keine Antibiotika in ihren Zuchtbetrieben in Norwegen.
Ein anderer Nachteil der Fischzucht, so ergaben Untersuchungen aus Norwegen, sind Nährstoffemissionen aus den Fischausscheidungen. Im Jahr 2000 sind die 800 Fischzuchtbetriebe Norwegens die größte Quelle von Phosphaten und die zweitgrößte Quelle von Stickstoff. Zum Vergleich: die norwegische Lachsindustrie produziert genauso viel Stickstoff wie sich im unbehandelten Abwässern von 3,9 Millionen Menschen befindet. Diese Emissionen sorgen für die Eutrophierung und der großflächigen Algenblüte vor der Küste.
Die niederländischen Fischzuchtbetriebe nutzen ein Zirkulationssystem, in dem das Wasser immer wieder gefiltert, gereinigt und erneut verwendet wird. Die Probleme mit Ammoniak und Nitrat sind bei dieser Art der Fischzucht gelöst.
Fischkrankheiten von entwichenen Zuchtfischen können auf wildlebende Fische übertragen werden. Man vermutet, dass jährlich zehntausende von Zuchtlachsen entkommen. Mindestens die Hälfte der Wildlachse, die mit Zuchlachsen in Berührung kommen, stirbt. Krankheiten wie die Lachslaus sind hier im großen Maße dran beteiligt. Im März 2000 hat man in Norwegen mit der Vernichtung von 700.000 Lachsen eines Fischzüchters begonnen, nachdem dort die für Lachse tödliche Krankheit ISA festgelstellt wurde. 2007 erschienen alarmierende Berichte über ein mögliches Aussterben der Wildlachse im Nordwesten von Kanada durch den Lachsparasit. Dieser Parasit stammt aus den Fischzuchtbetrieben und wird, bei weiterer Verbreitung, innerhalb von vier Jahren 99% der Wildlachse das Leben kosten. Durch den Parasiten wurden bis 2008 schon 80% getötet.
Auch entwichener Zuchtfisch kann zu einem Problem werden. So kreuzen sich entkommene Zuchtlachse mit Wildlachsen. Der Zuchtlachs, und in geringerem Maße das Kreuzungsprodukt, haben nicht das Vermögen, vom Meer in die Flüsse zum Laichen zu ziehen. Letztendlich wird dies die Überlebenschancen des Wildlachses verringern. In Norwegen wurde aus Studien von 2003 deutlich, dass einer von vier wild gefangenen Lachse aus einem Zuchtbecken stammt. In Schottland entkamen 2006 rund 157 Tausend Zuchtlachse.
Laut Greenpeace und dem WWF sind die Probleme rund um Fischkrankheiten und Ausbrüche zu verhindern, wenn die Lachszucht in geschlossenen Systemen an Land stattfinden würde. Es gibt jedoch noch keine Technik für derartig große Systeme und die Tiergesundheit ist an Land schwieriger zu gewährleisten. Die Fischzüchtereien sind aufgrund der hohen Kosten und der wachsenden Konkurrenz zurückhaltend.
In Noord-Holland besteht ein großes Interesse an der Aquakultur mit Aal und Zander an Land. Pilotprojekte werden zwischen 2008 und 2010 ausgearbeitet.
Ein anderer Nachteil ist die Tierunfreundlichkeit der Zuchtbetriebe. Zuchtlachse leben dichtgedrängt zusammen. In Norwegen und Schottland gibt es dafür seit einigen Jahren eine Regelung. Biologischer Lachs hat mehr Platz.