Die Baumkurrenkutter fangen viel Beifang, unter anderem Fische (hauptsächlich Klieschen, aber auch untermaßige Wittlinge, Kabeljau, Roter und Grauer Knurrhahn, Seezungen und Schollen und seltenere Arten wie Haie und Rochen). Dazu kommen Wirbellose wie Seesterne, Krabben und große Muscheln, die nach dem Sortieren wieder über Bord gehen. Man unterscheidet zwischen wertvollen Beifängen (kommerzielle Fische und Krebse, die nicht zu den Zielarten gehören) und Beifang, der wieder über Bord geht, die sogenannten Discards.
Über die Mengen des Beifanges gibt es sehr unterschiedliche Schätzungen. Sie reichen von zwei bis sechs Kilo Beifang (Wirbellose und Fische pro Kilo Plattfisch, Schätzung laut Greenpeace) bis durchschnittlich 0,45 Kilo Beifangfisch pro Kilo Plattfisch (Schätzung des IMARES). Nach IMARES-Angaben sind die Beifänge der Plattfischfischerei in den letzten Jahren zurückgegangen, so z.B. durch die Einführung einer Mindestmaschenweite seit Oktober 1997 über 56 Grad nördlicher Breite, die Einführung der Schollenbox sowie der neue Markt für Kliesche und Flunder. Der Markt für Kliesche und Flunder hat tatsächlich dafür gesorgt, dass der Discard kleiner ist, aber die Fänge dieser Arten bleiben natürlich gleich.