Im September 2004 urteilte der europäische Gerichtshof, dass die Regierung nur noch eine Genehmigung für Aktivitäten wie die maschinelle Herzmuschelfischerei erteilen darf, wenn die Sicherheit besteht, dass keine schädlichen Folgen für die natürlichen Habitate sowie die wilde Flora und Fauna entstehen. Der Raad van State hat u.a. auf dieser Basis die Anfrage der Herzmuschelfischer, um 2004 im Wattenmeer fischen zu dürfen, abgewiesen. Zum 1. Januar 2005 wurde die maschinelle Herzmuschelfischerei im Wattenmeer abgeschafft. Minister Veerman verkündete zudem, dass er die Muschelfischerei auf der Nordsee ebenfalls beschränken will. Damit will er verhindern, dass die Herzmuschelfischer dort auf Trogmuscheln und Schwertmuscheln gehen. Als Ausgleich bekamen die Fischer rund 123 Millionen Euro.
Ende 2006 erschien eine Übersicht über die Schäden, die durch die Herzmuschelfischerei verursacht wurden. Die Wissenschaftler kommen zu dem Schluss, dass der Bestand einiger Zugvogelarten, wie der Knutt, durch die Herzmuschelfischerei abgenommen hat. In den besten Zeiten gab es bis zu 120.000 Knutts, heute sind es nur noch 20.000. Die Ursache liegt nicht nur in dem Wegfischen der Herzmuscheln, wodurch weniger Nahrung für die Vögel zur Verfügung steht, sondern auch in der Sedimentveränderung, die durch das Umwühlen des Bodens auftritt, wodurch der Wattboden weniger schlickig und sandiger wird. Dadurch verschlechtern sich die Lebensbedingungen für die Schalentiere, die in der Folge weniger Fleisch enthalten. Die Folge für die Wattvögel ist, dass es nicht nur weniger zu fressen gibt, auch die vorhandene Nahrung hat eine schlechtere Qualität.