Die wichtigsten Nordseehäfen für die internationale Seeschifffahrt sind London, Rotterdam und Hamburg. Dies gibt an, dass die südliche Nordsee eines der am dicht befahrensten Meeresgebiete der Welt ist.
Im Wattenmeergebiet arbeiten etwa 100.000 Menschen in der Hafen- und Schifffahrtsindustrie. Die größten Handelshafen grenzen an das deutsche Wattenmeer: Hamburg, Bremerhaven und Wilhelmshaven. Andere deutsche Häfen mit einiger Bedeutung sind Brunsbüttel, Brake und Emden. In Dänemark ist Esbjerg eine mittelgroße Hafenstadt. Im niederländischen Wattenmeergebiet hat Delfzijl die größte Bedeutung. In Wilhelmshaven und Den Helder befinden sich die Stützpunkte der deutschen und niederländischen Marine.