Der Umweltschutz im Wassersport verdient eine besondere Aufmerksamkeit. Früher wurde darauf noch nicht stark geachtet und der Einfluss des Wassersportes auf die Umwelt war beträchtlich. Öleinleitungen (Bilgenwasser) und PAKs (Kohleteer auf der Unterwasserseite des Schiffes) hatten negative Auswirkungen auf Seehunde und Vögel. Organozinnverbindungen, die früher häufig im Kampf gegen den Schiffsbewuchs unterhalb der Wasserlinie verwendet wurden, sind besonders für viele Bodentieregiftig, wie z.B. die Nordische Purpurschnecke und die Wellhornschnecke.Die später häufig verwendete Alternative, eine kupferhaltige Unterwasserfarbe, führte ebenfalls zu einer unakzeptablen Anhäufung giftiger Kupferverbindungen in der Umwelt.
Die Wassersportler haben Maßnahmen getroffen, um die Belastungen einzuschränken. So sind Jachthäfen verpflichtet, die Abwässer des Abspritzplatzes zu reinigen. Ölreste dürfen nicht über Bord gekippt werden. Unterwasserfarben mit Teer, Organozinn oder Kupfer dürfen nicht mehr aufgetragen werden. Alle Jachthäfen verfügen seit April 1996 über Einrichtungen, die den chemischen Abfall der Wassersportler annehmen können. 2009 wird das Ablassen von Abwässer in der Freizeitschifffahrt verboten.
Jachthäfen, deren Umweltmanagement in Ordnung ist, bekommen vom ANWB jährlich eine Blaue Flagge. Bootsführer, die verantwortlich mit der Natur und Umwelt umgehen, dürfen eine blaue Fahne führen. Dazu müssen sie ein Dokument mit Goldenen Verhaltensregeln unterzeichnen.