Die Watten selber sind noch immer durch eine große Dynamik gekennzeichnet. Das heißt, dass die Natur an vielen Stellen ihren Gang gehen kann. Ab und zu gibt es menschliche Störungen, wie die Vertiefung von Fahrrinnen, den Bau von Deichen und den Tourismus. Eine andere Form der Störung ist die Zerstörung des Bodens, wie sie bis 2005 durch die Herzmuschelfischerei verursacht wurde. Dies hatte nachteilige Folgen für den Brutfall der Muscheln, wie der Baltischen Tellmuschel. Die Politik ist darauf ausgerichtet, diese Störungen zu beschränken.
In der Vergangenheit sind die natürlichen Miesmuschelbänke und Seegrasfelder stark zurück gegangen. Stabile alte Miesmuschelbänke sind im niederländischen Teil des Wattenmeeres eine seltene Erscheinung. Früher war das anders. 1978 gab es, verteilt über das Wattenmeer, noch eine Oberfläche von 4000 Hektar an stabilen Miesmuschelbänken. 1997 waren davon etwa 100 Hektar über. Es wird danach gestrebt, diese Strukturen wieder zu bekommen, aber die Entwicklung davon, genau wie bei den Sabellaria-Riffen, bleibt hinter den Erwartungen zurück. Die Natur scheint sich in den Gebieten, in denen nicht gefischt werden darf, besser zu erholen, als in den befischten Gebieten.
Die mechanische Herzmuschelfischerei wurde im August 2005 abgeschafft, wodurch zu einem großen Teil die Bodenzerstörung und das Wegfangen von Muscheln, die auch die Nahrung der Vögel sind, beendet wurde. Die warmen Winter der letzten Jahre hatten eine negative Auswirkung auf die Fortpflanzung der Muscheln, wie der Baltischen Tellmuschel, und damit auch auf die Vogelarten, die von diesen Muscheln abhängig sind. Für die Fische im Wattenmeer gibt es genügend Nahrung, das gilt auch für Vögel, die sich von Garnelen ernähren. Für Zugvögel sollte es mehr Orte gebe, wo die Vögel rasten und mausern können. Mit den Seehunden geht es nach der letzten Virusepidemie gut. Sowohl der Gemeine Seehund als auch die Kegelrobbe nehmen in ihrem Bestand zu. Der Vormarsch der Pazifischen Auster scheint jetzt langsamer zu gehen, als in den letzten Jahren.