Als die Deiche immer verlässlicher wurden, verloren die Warften ihre Funktion als Zufluchtsort bei Sturmfluten. In den Niederlanden fing man an, den fruchtbaren Warftboden (der u.a. auch aus Mist bestand) abzugraben und auf den Ackerflächen zu verteilen. In West-Friesland ist kaum eine Warft verschont geblieben. Da die Warften viel Geld einbrachten, mussten die Besitzer mehr Steuern bezahlen. Dies stimulierte die Abgrabungen jedoch, denn dadurch wurde die Warft kleiner und die fruchtbare Erde konnte verkauft werden.
In Norden der Niederlande sind zwischen 1850 und 1950 rund 60% der Warften verschwunden. Aber auch der Ackerbau auf den Warften selber hat die Oberfläche über die Jahrhunderte hin abgetragen. Jedesmal beim Pflügen verschwindet wieder eine zwei bis drei Zentimeter tiefe Erdschicht. So ist eine Warft bei Peins, östlich von Franeker, schon ernsthaft angegriffen. Im Mittelalter war die Warft drei bis vier Meter hoch, jetzt sind es nicht einmal mehr zwei Meter. Die Landwirte bei Peins pflügen jetzt bereits in der Siedlungsschicht aus der Römerzeit, was bedeutet, dass alle Schichten darüber bereits verschwunden sind.
Eine weitere Gefahr ist die Vertrocknung durch die Absenkung des Grundwasserstandes. Dies hat dramatische Folgen für das archäologische Erbgut: Hölzerne Löffel aus der Römerzeit, Schädel, Schmuck der nicht aus Edelmetall ist - sobald Luft an die Gegenstände kommt, fangen sie an zu rotten. Der Inhalt der Warft wird dann 'unleserlich' für die Archäologen. Und das ist Schade, denn viele Informationen über das Goldene Zeitalter der friesischen Geschichte gehen auf diese Art verloren.
Da es so schlecht um die Warften bestellt ist, kommt die Provinz Friesland 2006 mit dem Plan, den Bauern für warftenschonendes Arbeiten eine Entschädigung von einigen Hundert Euro zu geben. Der Ackerbau darf nicht ausgeweitet werden und es darf zum Beispiel nicht bei Regen geerntet werden, wenn das Wasser durch die tiefen Treckerspuren die Warft ausspülen kann. Vielleicht kauft die Provinz die Warften auch auf.