Der SO2 Ausstoß wird durch den Schwefel im Treibstoff der Schiffe verursacht. Die Schwefelgehalte im Schiffstreibstoff schwanken beträchtlich. Der weltweite Durchschnitt liegt bei ca. 3,5%, Treibstoff, der in der Nordsee verbrannt wird, hat einen Gehalt von durchschnittlich 2,5%. Schwefelarmer Schiffstreibstoff ist teurer als schwelfelhaltiger. Seit August 2007 darf der Treibstoff von Schiffen auf der Nordsee maximal 1,5% Schwefel enthalten.
Was den Herstellungsprozess betrifft, so kann der Schiffsdiesel, in jedem Fall für die Binnenschifffahrt, relativ schnell schwefelfrei werden. Neben der Entschwefelung kann dies durch einen geringeren Anteil von Erdöl sowie einen größeren Anteil von Biokraftstoffen und Öl aus Steinkohle und Erdgas am Schiffsdiesel geschehen. Schiffe mit Hilfe anderer Treibstoffe anzutreiben wird in näherer Zukunft noch nicht möglich sein.
In der Anlage VI des Marpol-Vertrages werden unter anderem Normen für den maximalen Schwefelgehalt im Schiffstreibstoff gegeben. Weltweit ist das für SOx 4,5%, aber in 'Sulphur Emission Control Areas' (Gebiete, in denen die Notwendigkeit der Reduzierung des Schwefelausstoßes besonders groß ist) darf ein Schiff nur mit einem Schwefelgehalt von höchstens 1,5% im Treibstoff fahren oder es besitzt eine Entschwefelungsanlage. Anlage VI ist seit Mai 2005 in Kraft, im selben Jahr haben Nord- und Ostsee den Status als 'Sulphur Emission Control Area' erhalten.
