Bis 1932 gab es allein im niederländischen Wattenmeer mehr als 150 Quadratkilometer Seegrasflächen, im restlichen Wattenmeer sah es ähnlich aus. 1932 wurde das Seegras von einer Infektionskrankheit befallen, es handelte sich dabei wahrscheinlich um den Schleimpilz Labyrinthula zosterae, der sowohl die Blätter als auch die Rhizome befallen kann. Ein Jahr zuvor waren beinahe alle großen Seegrasfelder an der Atlantikküste, sowohl auf europäischer als auch amerikanischer Seite, von dieser Krankheit befallen. Die schmalblättrige Variante, die im Gezeitenbereich wächst, blieb zum größten Teil von dieser Krankheit verschont, ebenso das Zwerg-Seegras. Im Laufer der 1940er Jahre erholte sich das Seegras an der Atlantikküste.
Im Wattenmeer hat sich das Seegras überall jahrelang nicht von dieser Krankheit erholt. Insgesamt war die Seegrasfläche im niederländischen Wattenmeer kleiner als 1 Quadratkilometer. Nur im Hafengebiet von West-Terschelling und auf der Hond/Paap in der Emsmündung gab es Seegrasfelder. Das Zwerg-Seegras kam nur bei terschelling und an drei Stellen vor der Groninger Küste vor. Ende 1996 setzte hier eine Veränderung ein, als entlang der Groninger Küste, zwischen Lauwersoog und Eemshaven, auch das gemeine Seegras wieder angetroffen wurde. Dies könnte bedeuten, dass die für das Wattenmeer so typischen Seegrasfelder wieder zurückkommen könnten.
Einige Biologen denken, dass das Verschwinden des Seegrases eine Folge verschiedener Faktoren war. Die Sommer von 1931 und 1932 waren extrem schlecht. Darüberhinaus wurde der Abschlußdeich fertiggestellt. Das Abkippen von Sand und Klei erhöhte die Trübung des Wassers. Durch die Kombination von wenig Sonne und trübes Wasser bekamen die Seegrasblätter möglicherweise zu wenig Licht. Durch den Abschluß der Zuiderzee herrschte zudem im Wattenmeer ein anderes Strömungsmuster, welches durch Erosion und Sedimentation an neuen Stellen das Wachstum des Seegrases gestört haben könnte. Die Wasserverschmutzung durch Gifte und Nährstoffe hat wahrscheinlich ebenfalls einen Teil zum Verschwinden des Seegrases beigetragen.
Im Deltagebiet hatte die Infektionskrankheit weniger schwerwiegende Folgen. Im Grevelingen wuchsen vor dem Abschluß 1971 etwa 1000 ha Seegrasfelder. Nach dem schließen des Dammes breiteten sich die Seegrasfelder explosionsartig aus. Mögliche Ursachen könnten das Fehlen der Gezeiten (und dadurch mehr 'Ruhe') und die größere Klarheit des Wassers sein. 1978 bedeckten die Seegrasfelder im Grevelingen eine Fläche von 4 bis 5.000 ha. In der nachfolgenden Zeit nahm die Seegrasbedeckung ab, in den 1980er und 90er Jahren gab es große Schwankungen in der Seegrasbedeckung. Die Ursachen hierfür sind nicht bekannt.

Experimente mit Neuanpflanzungen von Seegras im Wattenmeer haben bisher nur wenige Ergebnisse gebracht. Man hoffte auf auf ein immer klareres und saubereres Wasser im Wattenmeer. Auch die Eutrophierung, der Salzgehalt des Wassers und die Fischerei spielen eine Rolle bei der Ansiedlung des Seegrases.
Bei Alterra (jetzt IMARES) Texel wurden Überlebensexperimente mit Seegräsern verschiedener Herkunft ausgeführt. Ergebnis war, dass die Seegräser von der deutschen Wattenmeerinsel Sylt am stärksten waren. 1993 wurden darum zehntausende von Schösslingen vom Großen und Kleinen Seegras aus der Sylter Umgebung im niederländischen Wattenmeer ausgesetzt: Auf dem Balgzand, bei Texel und bei Terschelling. Die Pflanzen bei Texel kamen nicht an. An den beiden anderen Orten wächst etwas Seegras, aber besonders gut sah es zwei Jahre nach der Anpflanzung nicht aus.
2002 und 2003 gab es erneute Versuche von Wissenschaftlern der Katholischen Universität Nijmegen, um das Große Seegras wieder einzuführen. 2002 mißglückte das Experiment zum Teil, da die Pflanzen auf einer falschen Tiefe gepflanzt wurden. Auf dem Balgzand wurde dabei Kleines Seegras angetroffen, es handelt sich vermutlich um Nachkömmlinge vom Experimet von 1993. 2004 meldete Rijkswaterstaat, dass 2003 eine stattliche Anzahl (fast 800) Pflanzen angetroffen wurden. Sie stammen von einem früheren Ansiedlungsversuch von 1999 auf dem Balgzand. Diese Population überlebt dort schon seit vier Jahren, war aber bislang noch nicht so verbreitet.