Regelmäßig ertrinken Seevögel und Meeressäugetiere in den Netzen der Stellnetzfischer. So wurde vor der norwegischen Küste festgestellt, dass pro Jahr etwa 30.000 Trottellummen in Fischernetzen sterben.
In den 1980ern schien mit dem Aufkommen der Industriefischerei ein Ende an das Wachstum der Seevogelbevölkerung in der Nordsee gekommen zu sein. Die Industriefischerei fängt kleine Fische, wie Sandaale und Sprotten, die auch die Nahrung vieler Seevogelarten darstellen. Die gefangenen Fische werden zu Fischmehl verarbeitet, das wiederum als Viehfutter, als Nahrung in der Aquakultur, in Dosen und Brocken als Futter für Hunde und Katzen und sogar als Dünger verwendet wird. Vor 1950 war diese Form der Fischerei auf der Nordsee so gut wie unbekannt, aber in den 1970ern stieg die Fangmenge auf etwa zwei Millionen Tonnen Fisch pro Jahr (gegenüber eine Million Tonnen Fisch für den menschlichen Konsum). Viel Industriefisch wird von dänischen und norwegischen Fischern geliefert, die beim Fang in der Nordsee häufig riesige Ringnetze verwenden. Neben Sandaale und Sprotten wird auch viel junger Hering mitgefangen.
Die ersten Folgen dieser Fischerei scheinen sich schon ab zu zeichnen. Auf den Lofoten, einer Inselgruppe vor der norwegischen Küste, gelang es Anfang der 90er Jahre nur einem von tausend Papageitaucherpaaren, ihre Jungen groß zu ziehen. Sandaale und junger Hering werden von den jungen Papageitauchern benötigt, und die gab es nicht mehr. Die Papageitaucher der Lofoten überalterten. Jüngere Generationen fehlten. Trottellummen und Dreizehenmöwen geht es ähnlich.
Auch in der Nordsee gibt es derartige Probleme. Nach 1982 ist die Zahl der Sandaale rund um die Shetland-Inseln zurück gegangen. Rund um diese Inselgruppe wurde viel gefischt: zwischen 1974 und 1982 stieg der Fang von Sandaalen sehr schnell von 8.000 auf 52.000 Tonnen pro Jahr. Ab 1983 haben besonders die Küstenseeschwalben, aber auch die Schmarotzerraubmöwen, Dreizehenmöwen, Papageitaucher und Eisstrumvögel aufgrund des Nahrungsmangels schlechtere Brutergebnisse. 1988 und 1989 wurde in den Kolonien der Großen Raubmöwen, Schmarotzerraubmöwen, Eissturmvögel und Dreizehenmöwen fast keine Jungen mehr aufgezogen. Die Zahl der Küstenseeschwalben war inzwischen um 70% zurückgegangen.
In den oben genannten Fällen ist es nicht bewiesen, dass die Fischerei die direkte Ursache für den Rückgang ist. Möglicherweise wurden die Probleme bei den Lofoten und den Shetland-Inseln durch eine Veränderung in der Meeresströmung ausgelöst. Änderungen in der Strömungsrichtung, Salzgehalt oder Temperatur können auf den Fischbestand große Auswirkungen haben. Bei der Verschlechterung der Situation der Seevögel stehen also noch einige Fragezeichen.
Es gibt jedoch noch mehr Signale, die deutlich angeben, dass die Vögel der Nordsee sowohl in der Brutsaison als auch im Winter Probleme mit dem Auffinden von ausreichender Nahrung haben. So gab es in den Niederlanden in den 1980ern eine Zunahme in der Zahl der angespülten toten Trottellummen, Tordalken und Dreizehenmöwen. Ursachen für diesen Anstieg waren zum Teil der Hungertod, teils eine Folge der chonischen (Öl-)Verschmutzung und zum Teil auch die Tatsache, dass mehr Vögel in der südlichen Nordsee überwintern. Im Laufe der 1990er schien eine Verbesserung einzutreten, zumindest soweit es sich um die Opfer der Ölverschmutzung handelte.