De zoutwinning blijkt ook een aanzienlijke bodemdaling tot gevolg te hebben. Men nam aanvankelijk, bij de start van de zoutwinning in 1996, aan dat de winning van 18 miljoen ton zout in 8 jaar tijd zou leiden tot 35 centimeter bodemdaling. Die schatting moest worden bijgesteld na metingen van het echte tempo van de daling van de bodem. Het bleek dat de bodem uiteindelijk 60 tot 65 centimeter zou dalen. Bij Harlingen daalt de bodem 2 tot 4 centimeter per jaar. De bodemdaling heeft grote gevolgen voor de waterhuishouding in het gebied. Zo dalen het land, de dijken en de gemalen, waardoor het grondwaterpeil relatief stijgt. Om terpen niet te laten inklinken moeten waterschappen ervoor zorgen dat de grondwaterstand op peil blijft. Daarnaast treedt verzilting op, doordat zeewater onder de dijk doordringt en als kwelwater in landbouwgebieden terecht komt. Omdat veel gewassen niet tegen zout water kunnen is dit een gevaar.
Het Ministerie van Economische Zaken heeft op basis van de verontrustende bodemdaling het quotum voor de hoeveelheid te winnen zout teruggebracht naar 10 miljoen ton.