De belangrijkste Noordzeehavens voor de internationale zeescheepvaart zijn Londen, Rotterdam en Hamburg. Dit maakt dat de zuidelijke Noordzee één van de drukst bevaren stukken zee ter wereld is.
In het waddengebied werken ongeveer 100.000 mensen in de haven- en scheepvaartindustrie. De grootste handelshavens grenzen aan de Duitse wadden: Hamburg, Bremerhaven en Wilhelmshaven. Andere Duitse havens van enige betekenis zijn Brunsbüttel en Brake. In Denemarken is Esbjerg een middelgrote havenstad en de grootste haven in het Nederlandse waddengebied is Delfzijl. Wilhelmshaven en Den Helder herbergen de vloten van de Duitse en Nederlandse marine.
Vanaf 2008 is Den Helder de offshore haven van de Nederlandse Noordzee, omdat dan alle oliemaatschappijen vanuit deze haven werken.