Mosselen zijn filtreerders: zij zeven grote hoeveelheden zeewater. Zij zijn daarom bijzonder gevoelig voor verontreinigingen en giftige algen. Met het oog op de besmetting met giftige algen controleert Imares IJmuiden de partijen mosselen die op de markt komen intensief. Zo nodig wordt de oogst van kweekpercelen tijdelijk stilgelegd als er sprake is van gevaarlijke besmetting. In 1994 was dat het geval in de Grevelingen: de mosselen van de percelen aldaar bleken besmet met het gif van de alg dinophysis, dat darmstoornissen veroorzaakt bij de mosseleter. Het RIVO meet ook regelmatig het gehalte aan giftige stoffen in mosselen, zoals polycyclische aromatische koolwaterstoffen (PAK's). De laatste jaren ging het om geringe, niet gevaarlijke hoeveelheden.
In juli 1997 constateerde het RIVO de aanwezigheid van de salmonellabacterie op enkele mosselbanken in de Oosterschelde. Volgens het RIVO is het waarschijnlijk dat de salmonella-besmetting veroorzaakt is door meeuwen. De uitwerpselen van de vogels hechten zich aan de bodem, maar door late baggerwerkzaamheden begin juli is de bodem beroerd en zijn bacteriën verspreid en op de mosselpercelen terecht gekomen. Dit type vogel-salmonella is niet schadelijk voor de volksgezondheid, maar voor de zekerheid moesten alle schelpdieren extra gezuiverd en gecontroleerd worden. Om de meeuwen te verjagen heeft de vaste valkenier in Yerseke assistentie van een collega gekregen.
Ook de ziekteverwekkende bacterie Campylobacter kan voorkomen in rauwe mosselen. 5 tot 20% van alle mosselen loopt kans op besmetting. Het eten van rauwe mosselen is dus niet aan te raden. Het goed koken van de mosselen maakt een eventuele besmetting met Campylobacter onschadelijk. Ook voor deze besmetting wijst de Hoofdinspectie Gezondheidsbescherming vooral naar de uitwerpselen van meeuwen.