De verhoogde toevoer van meststoffen heeft geleid tot een toename van algenbloeien. Er zat rond 1985 drie tot vier keer zoveel fosfaat in het kustwater als in 1935. Na 1988 is de concentratie fosfaat in het zeewater gedaald doordat er minder geloosd werd. Daardoor kwamen er ook weer minder algenbloeien voor, zo bleek uit metingen van het NIOZ. Er ligt ook veel minder vaak een dikke laag schuim op het strand.
Algenbloeien kunnen zuurstofloosheid in het water en de zeebodem veroorzaken, als ze massaal afsterven. In de Duitse Bocht en het Kattegat heeft dit geleid tot massale sterfte van bodemdieren en voedselschaarste voor vissen en wadvogels.
Ook komen er soms door eutrofiëring ongewenste giftige algen voor, zoals de pantseralg Dinophysis. Als je mosselen eet, die deze algen hebben gegeten, kun je last van je darmen krijgen. Andere giftige algen kunnen vissterfte veroorzaken.
Ondanks de afname van fosfaten blijven algenbloeien nog steeds voorkomen. Volgens onderzoeker Martin Scholten van IMARES komt dat door giftige stoffen uit de land- en tuinbouw, die schadelijk zijn voor de diertjes die algen eten, roeipootkreeftjes in zee en watervlooien in zoet water.