In 1997 kwam Rijkswaterstaat met een plan om het brakwater-areaal in Nederland uit te breiden. Er kwam een discussie op gang over de vraag of het brakwater-areaal moet worden uitgebreid binnen de grenzen van het huidige waddengebied, of gezien moet worden als een uitbreiding van het waddengebied ten koste van huidig boerenland.
Er is ook discussie over de zoet-zoutovergang tussen de Oosterschelde en het Krammer-Volkerak. Door de aanleg van dammen komt er bijna geen zout water meer in de Oosterschelde. Dit is indertijd gedaan om het gebied te beschermen voor het sterk vervuilde rivierwater. De Oosterschelde veranderde van een riviermonding, met een geleidelijke overgang van zoet naar brak naar zout water, in een permanent zoute zeearm. Onderzoek toont aan dat de kwaliteit en de productiviteit van de Oosterschelde vooruit zouden gaan als er weer sprake zou zijn van doorstroming van zoet water. Enkele typische zee-soorten zullen verdwijnen, maar voor het merendeel zal de bestaande fauna, inclusief schelpdierbestanden, behouden blijven.
Een probleem is de vervuiling van het Maas- en Rijnwater. Deze is nu zo nog steeds zo erg dat het niet verantwoord lijkt om het rivierwater in de Oosterschelde te laten.