In 1930 stond de heer Kraai, onderwijzer in Den Burg, aan de wieg van het Texels Museum. De collectie bestond uit natuurhistorische, geologische en oudheidkundige voorwerpen. Dat jaar trok het museum al ruim 2000 bezoekers.
In de jaren voor en tijdens de Tweede Wereldoorlog was Herman van der Horst directeur van het Texels museum. Op Texel maakte hij zijn eerste twee documentaires: een film 'Texel, parel der waddeneilanden' en een film over de schapenteelt op Texel. Na de oorlog zou van der Horst, terug aan 'de overkant', één van de meest toonaangevende cineasten van Nederland worden.
Het oude Texels Museum groeide uit zijn jasje en vlak na de oorlog verhuisde het museum naar een houten barak in het bos van Texel.
In de jaren vijftig van de vorige eeuw begon het directeurs-echtpaar de Haan met het opvangen van jonge en zieke zeehonden. Ook werden, in steeds toenemende mate, gewonde of verzwakte zeevogels opgevangen in het museum.
In 1975 verhuisde het Texels Museum naar de huidige plek nabij De Koog. Het werd gebouwd aan de rand van het Duinpark dat was ingesteld ter ere van de natuurbeschermings-pionier Jac. P. Thijsse. Onder de paraplu van het Texels Museum bundelden Staatsbosbeheer, het IVN, Vereniging voor natuur- en milieueducatie, en Natuurmonumenten hun krachten in een gezamenlijk nieuw centrum. Naast het tonen van natuurhistorische collecties werd de doelstelling verbreed met het informatie geven aan toeristen over de natuur op Texel. Het museum werd dus ook bezoekerscentrum.
Halverwege de jaren tachtig werd de koers opnieuw gewijzigd. De voornaamste doelstelling kwam te liggen bij het leveren van een bijdrage aan het behoud en herstel van de kwaliteit van het waddengebied en de Noordzee. Vooral via het verschaffen van gerichte informatie. Het centrum kreeg toen de naam Ecomare, centrum voor wadden en Noordzee.
Inmiddels ontvangt Ecomare sinds 1998 jaarlijks ongeveer 300.000 bezoekers. Voor het leeuwendeel zijn dat toeristen en Texelaars die komen voor een informatief dagje uit. Maar ook scholen en andere groepen leveren een aanzienlijk aandeel in de bezoekerscijfers.