Naast de bassins met zeehonden bevindt zich de andere opvang van Ecomare: die voor de vogels. Er zijn in Nederland meerdere vogelasiels, waar vaak met zeer weinig middelen en door vrijwilligers enorm veel werk wordt verzet. Ecomare is gespecialiseerd in de opvang van kust- en zeevogels. Het zijn vooral meeuwen, alken, zeekoeten, eenden- en ganzensoorten, Jan van Genten, sterns en nu en dan steltlopersoorten, die gewond, besmeurd of verzwakt binnenkomen. Meestal zijn het vogels die op Texel worden gevonden, maar het komt ook regelmatig voor dat andere opvangcentra zeevogels doorsturen naar Ecomare. Daarnaast worden ook Texelse landvogels opgevangen, waaronder bijvoorbeeld roofvogels. Vaak gaat het dan om verkeers- of prikkeldraadslachtoffers, of om sterk ondervoede vogels.