In de noordelijke Noordzee zien de gemeenschappen van bodemdieren er duidelijk anders uit dan in de zuidelijke Noordzee. Sponzen, mosdiertjes, zee-anemonen en zeepennen (ongeveer 50 centimeter hoge, kolonies van poliepen, die eruit zien als de veren van een vogel) zorgen voor bedekking van het zandoppervlak en de stenen. Al deze groepen van diersoorten filteren hun voedseldeeltjes uit het water. De verscheidenheid (aan diersoorten) is hier veel groter dan in de zuidelijke Noordzee, terwijl de dichtheid en de seizoensafhankelijke verschillen in watertemperatuur en aantallen dieren veel kleiner zijn.
In de zuidelijke Noordzee leven voornamelijk stekelhuidigen en kreeftachtigen, die organisch materiaal eten of rovers zijn. Ook de vissoorten verschillen. Waarschijnlijk heeft de intensieve boomkorvisserij met wekkerkettingen een langdurige, duidelijk waarneembare, invloed op de gemeenschappen van bodemdieren in de zuidelijke Noordzee. Vroeger was de zuidelijke Noordzee rijk aan jonge opgroeiende fauna. Tegenwoordig zijn het voornamelijk kleine, kort levende, maar zeer productieve soorten die het meest voorkomen.
De bodem van het Nederlandse deel van de Noordzee kan grofweg worden ingedeeld in vier gebieden van verschillende aard. Sinds 1986 nemen onderzoekers van het NIOZ regelmatig monsters van de zeebodem om de samenstelling van de bodemfauna vast te stellen. Zo langzamerhand heeft men genoeg gegevens om ontwikkelingen in de soortensamenstelling aan te geven.
In de kustzone is er sprake van fijn zand, met een gemiddeld slibgehalte. Door de grote aanvoer van voedingsstoffen en de werking van de branding is er sprake van een dynamisch milieu. Er zijn niet veel verschillende soorten dieren te vinden, maar de dieren die er in en op de bodem leven, kunnen er in enorm hoge aantallen voorkomen. Een voorbeeld is de halfgeknotte strandschelp (spisula), waarvan grote banken ontstaan, die ook weer snel kunnen verdwijnen. Verder zijn kenmerkend voor de kustzone: Amerikaanse zwaardschedes, wormen, en garnalen. Verschillende schelpdieren (rechtsgestreepte platschelp) en roofslakjes (glanzende tepelhoren) zijn in de periode '86-'96 duidelijk in betekenis afgenomen.
Westelijk van de kustzone en direct ten noorden van de waddeneilanden liggen de zandbodems van de Zuidelijke Bocht, met daartussen hier en daar grindbanken (zoals de Klaverbank). In dit gebied staan veel offshore-platforms, vandaar dat het ook wel wordt aangeduid met de 'offshore-area'. Als gevolg van aanhoudende erosie is vrijwel al het slib uit de bodem verdwenen en is er grof zand overgebleven. In dit gebied is de bodemfauna niet talrijk: de dichtheden zijn laag. Wel is de fauna soortenrijker dan die in de kustwateren. De twee soorten die als kenmerkend worden gezien voor dit gebied (de glanzende tepelhoren en het zagertje nephtys cirrosa) namen tussen 1985 en 1993 in betekenis toe, maar vertonen nu een dalende trend.
Verder naar het noorden en noordwesten liggen de Oestergronden. Hier komen de watermassa's uit het Kanaal en de Noordelijke Atlantische Oceaan elkaar tegen en bezinkt het slib. De zeebodem is dus bijzonder slikkig en voedselrijk, en dat weerspiegelt zich in de bodemfauna: ook deze is bijzonder rijk, zowel qua dichtheden als qua soortenrijkdom. Op 1 vierkante meter zeebodem leven hier gemiddeld 250 tot 500 draadarmige slangsterren, zo'n 25 tot 75 exemplaren van het 'burchtenkreeftje' callianassa, 50 tot 200 franjewormen (magelona papillicornis) en 200 tot 400 tweetandschelpjes. Een andere kenmerkende bodembewoner van de Oestergronden is de langlevende noordkromp. Er zijn geen duidelijke trends waar te nemen in de samenstelling van de bodemfauna, behalve de afname van het aantal zagers van de soort nephtys hombergii. In 1997 daalde het aantal burchtenkreeftjes opeens sterk.
In het noordelijkste puntje van het Nederlandse deel van de Noordzee ligt de zuidrand van de Doggersbank. De bodem bestaat hier uit fijn zand met een gemiddeld slibgehalte en is aan erosie onderhevig: sinds 1991 daalt het slibgehalte. Ook hier is er sprake van een rijke bodemfauna en een grote verscheidenheid aan diersoorten. Opvallend is dat de meeste kenmerkende diersoorten voor deze streek tot 1993 in betekenis toenamen, maar daarna tot 1996 allemaal dalende trends vertonen. In 1997 stabiliseerde de verscheidenheid zich op een laag niveau. Het gaat dan om het vlokeeftje bathyporeia elegans (in 1993 gemiddeld 550 dieren per vierkante meter, in 1997 ongeveer 200), de schelpkokerworm (in 1993 gemiddeld 100 dieren per vierkante meter, in 1997 vrijwel verdwenen), de tweetandschelp (in 1993 gemiddeld 100 dieren per vierkante meter, in 1997 veel minder) en het zagertje nephtys cirrosa (in 1993 gemiddeld 100 dieren per vierkante meter, in 1997 ongeveer 50). De enige soort die in de periode '86-'97 voortdurend is toegenomen is de glanzende tepelhoren, een roofslakje.
