Op alle Waddeneilanden zijn broedkolonies, in totaal broeden er meer dan 60% van alle Nederlandse lepelaars. Na 1900 ontstond de eerste waddenkolonie lepelaars op Texel (in de Muy). In 1962 vestigde de lepelaar zich op Terschelling, in 1983 op Vlieland en in 1992 op Schiermonnikoog. In 1994 is ook Ameland door de lepelaar 'ontdekt' als broedgebied, hoewel het pas in 1996 tot echt broedsucces kwam. Twee jaar later, in 1998, werd het eerste broedende lepelaarpaar gezien op Rottumerplaat en in 2000 vestigde de soort zich op de kwelders langs het Balgzand. In 2010 broedden er voor het eerst lepelaars op Griend. De lepelaar staat sinds 2004 niet meer op de Rode Lijst van bedreigde en kwetsbare vogelsoorten in Nederland.

De lepelaars op de Waddeneilanden hebben in het voorjaar voedselgebrek. Ze eten gewoonlijk garnalen die ze in ondiepe geulen en prielen van het wad vinden. De garnalen zitten echter in het voorjaar nog in de diepe geulen en zwemmen dus buiten bereik van de lepelaars. De driedoornige stekelbaars is een alternatief. Dit visje trekt in het voorjaar van zee naar zoet water om te paaien. In de slootjes wachten de lepelaars ze op. Maar op veel plaatsen kunnen de visjes de tocht van zout naar zoet niet maken, omdat ze stuiten op dijken en sluizen. Daarom zijn er hier en daar in het waddengebied speciale stekelbaarspassages gebouwd. Via de passages vinden ze de weg naar het zoete water.....en soms naar de snavel van een lepelaar.

Speciaal voor de lepelaars heeft Staatsbosbeheer in 1995 in de waddendijk bij de Cocksdorp op Texel een hevelpassage voor driedoornige stekelbaarsjes gebouwd. Twee jaar later kwam voor hetzelfde doel een vistrap tot stand tussen de Moksloot en de Mokbaai. De hevelpassage is gebouwd bij het gemaal van de Cocksdorp. Als er zoet water wordt gespuid, trekt dit grote hoeveelheden stekelbaarsjes aan. Deze worden met een zoetwaterstroom naar een opvangbak gelokt. Van daaruit worden ze met een hevel over de dijk gezogen. Daarna kan de vis via de Roggesloot de polder in trekken. Tijdens het proefdraaien in 1996 zette men met de hevel al 40.000 stekelbaarsjes over. Het aantal stekelbaarsjes in de Texelse sloten nam tijdens die periode meetbaar toe. Door de passage is er in het voorjaar meer eten voor de lepelaars. De palingen profiteren er ook van. De jonge glasalen maken gebruik van de passage.