Blauwe kiekendieven trekken in de herfst niet zo ver. Veel Scandinavische kiekendieven overwinteren in zuid-Scandinavië tot midden-Europa. De kiekendieven die in Nederland broeden overwinteren hier of vertrekken naar België, Frankrijk en Engeland. Begin augustus vertrekken de vogels al naar hun winterkwartier om eind maart weer naar hun broedgebied te gaan. In de winter slapen blauwe kiekendieven op een gezamenlijke slaapplaats in het duin.

Het eerste paartje blauwe kiekendieven dat in het waddengebied broedde, nestelde in 1940 op Ameland. Tussen 1990 en 1994 waren er 115 paartjes in het waddengebied. Toen broedden 90% van de Nederlandse blauwe kiekendieven op de wadden. In 2008 broedden er nog maar 29 paartjes op de waddeneilanden, waarvan 11 op Texel. Op Ameland broedde er in 2009 zelfs geen meer. De blauwe kiekendief staat nu op de Rode Lijst van bedreigde vogelsoorten.

Het is niet precies bekend waarom de blauwe kiekendieven zo achteruit gaan. Onderzoekers die hun braakballen uitpluizen zien dat de vogels zijn overgestapt op een ander dieet: vroeger aten ze veel fazanten, weidevogels en konijnen; tegenwoordig eten ze veel kleinere prooidieren zoals woelmuizen en echte muizen. Misschien hebben de roofvogels het moeilijker omdat ze meer kleine prooien moeten vangen. Ook concurentie met de bruine kiekendief en verstoring door mensen spelen waarschijnlijk een rol. Maar het kan ook zijn dat de blauwe kieken andere broed- en jachtgebieden opzoeken. Op de Duitse waddeneilanden neemt de populatie blauwe kiekendieven juist toe. Met behulp van gekleurde ringen proberen de vogeldeskundigen uit te vinden of de Nederlandse 'kieken' daar hun heil zoeken. Af en toe gebeurt dat zeker. Een vrouwtje dat in 2009 op Baltrum broedde, bleek drie jaar eerder op Schiermonnikoog te zijn geboren.