Het aantal noordse sterns in het waddengebied is de laatste tien jaar gehalveerd. In 1999 werd nog een record van zo'n 2000 paartjes geteld, maar vanaf die tijd ging het bergafwaarts. Uit metingen blijkt dat de sterns al jaren niet genoeg jongen kunnen grootbrengen. Voor een gezonde populatie zouden ze 0,75 jong per jaar moeten afleveren, maar dit blijkt 0 tot 0,24 te zijn. Mislukte broedseizoenen worden vaak veroorzaakt door overstroming van de broedgebieden als de vogels op hun nest zitten. Hoge waterstanden in de broedtijd komen steeds vaker voor, waarschijnlijk door de klimaatverandering. Ook worden veel jongen opgegeten en vinden de ouders het moeilijk om genoeg voedsel te vinden.

Noordse sterns zijn gevoelig voor het wegvangen van vis door de industrievisserij, zoals in het begin van de jaren tachtig van de vorige eeuw bij de Shetland-eilanden. Rond die eilanden ging in die periode het broedsucces met meer dan 70% omlaag. De noordse stern is beschermd via de Vogelrichtlijn van de EU.

Bijna alle noordse sterns in Nederland broeden in het waddengebied. Op Griend is de grootste broedkolonie.