Bacteriën spelen een belangrijke rol in de natuur omdat ze belangrijke afbrekers van dode planten en dieren zijn. Op het wad komen bacteriën voor die energie halen uit zwavelverbindingen in de wadblubber. Deze kunnen leven in een zuurstofloze omgeving. Daarnaast veroorzaken sommige soorten bacteriën ziektes. Enkele voorbeelden zijn bacterievuur bij meidoorns, de ziekte van Lyme die door teken op mensen kan worden overgebracht, en besmetting met Campylobacter van oesters en mosselen. Bacteriën zijn nodig voor het voortbestaan van virussen die op hun beurt een belangrijke groep ziekteverwekkers zijn.