In de PKB worden de principes voor het beheer van de Waddenzee, zoals die zijn vastgesteld op de ministersconferentie in Esbjerg in 1991, uitgewerkt. Menselijk gebruik wordt volgens de PKB toegestaan als dat de hoofddoelstelling niet in gevaar brengt. Wel moet van tevoren de noodzaak hiervan aangetoond zijn. Wanneer bij de afweging duidelijke twijfel bestaat over de toelaatbaarheid van een activiteit vanwege de mogelijke gevolgen ervan voor het ecosysteem, zal het behoud van de natuur in de Waddenzee de doorslag geven (het voorzorgprincipe).
Wanneer activiteiten toelaatbaar worden geacht in de Waddenzee, stelt de overheid wel als voorwaarde dat de best uitvoerbare technieken worden toegepast om negatieve milieu-effecten te voorkomen of te beperken. Dit kan onder meer door toepassing van een zoneringssysteem.
Tijdelijke of blijvende aantasting van de natuurwaarden in de Waddenzee vindt de overheid alleen aanvaardbaar als de schade aan het milieu kan worden gecompenseerd door elders in het gebied iets extra's te doen aan de duurzame bescherming en ontwikkeling.
Het natuurbeheer in de Waddenzee is erop gericht de kwelders op het huidige areaal en (min of meer) gesloten stuifdijken op de bewoonde eilanden in stand te houden. Op de waddeneilanden zelf zal het behoud van kwelders zo veel mogelijk worden gewaarborgd. Om een zo natuurlijk mogelijke overgang naar meer dynamische gebieden te krijgen, zal het onderhoud aan de stuifdijken in de overgangsgebieden extensief zijn. Kwelderwerken langs de Fries-Groningse vastelandskust (met als doel het areaal kwelders te behouden), worden op een zo natuurlijk mogelijke wijze voortgezet.
De belasting van de Waddenzee met verontreinigingen en nutriënten zal worden teruggebracht door geen nieuwe lozingen toe te staan van ongezuiverd afvalwater op de Waddenzee en de aangrenzende havens.
