De vrouwtjes van de gewone zeehond kunnen vanaf hun vierde jaar jongen krijgen, de mannetjes zijn pas vanaf hun zesde jaar vruchtbaar. Ze paren van begin augustus tot half september. De zwangerschap van de gewone zeehond duurt elf maanden. Daarvan zijn de eerste maanden een zogenaamde 'stille zwangerschap'. Het bevruchte eitje nestelt zich namelijk pas na een maand of drie in de baarmoeder en begint dan  te groeien. Eigenlijk is de draagtijd dus maar 7 maanden. Tegenwoordig worden de jongen vanaf half mei geboren. Dertig jaar geleden was dat nog half juni. Onderzoekers ontdekten dat de zeehonden steeds vroeger in het jaar jongen krijgen. Ze denken dat dit komt omdat er meer kleinere vissen te vinden zijn. Zeehonden eten liever kleine dan grote vissen. Doordat er volop te eten is, zijn de vrouwtjes waarschijnlijk steeds eerder klaar voor een volgende zwangerschap.

De jongen worden geboren met laagwater, op drooggevallen zandbanken. Ze moeten vrijwel meteen, zodra de vloed opkomt, kunnen zwemmen. Tot drie weken na de geboorte drinkt het jong melk bij de moeder. In die tijd groeien zeehondenpups van rond 10 kilo tot 24 kilo. Dat gaat zo snel doordat de zeehondenmoedermelk heel erg voedzaam is, met een vetgehalte van 45%. Om te zogen gaan moeder en jong met laagwater op een zandplaat liggen.

Precies in de tijd wanneer de jongen nog bij hun moeder drinken, is het ook het drukst met pleziervaart en wadloop-activiteiten. Daarom zijn er in de Waddenzee speciale rustgebieden aangewezen, waar gedurende de geboorte- en zoogperiode van zeehonden geen mensen mogen komen. Zo kunnen de jongen, zonder gestoord te worden, genoeg melk drinken om groot te worden. Na de zoogtijd gaat de moeder weer haar eigen weg en moet het jong zichzelf redden. Dan moeten de jongen hun eigen kostje bij elkaar scharrelen en pas dan leren ze zichzelf vis vangen en eten.

Zeehonden eten vooral wat de pot schaft, maar elke zeehond lijkt ook een eigen voorkeur voor bepaalde vissoorten te hebben. Daardoor is de variatie behoorlijk groot en hebben ze elk seizoen weer andere vissoorten op het menu. Ze eten het liefst vissen die dicht bij de bodem leven, zoals platvissen, kabeljauwachtigen, grondels en zandspiering. Volwassen zeehonden die van platvis leven, hebben daar tot 8 kilo per dag van nodig. Dieren in gevangenschap eten gemiddeld 3 tot 4 kilo makreel of haring per dag omdat die vis veel vetter is.

Elk jaar wordt geteld hoeveel zeehonden er in het hele waddengebied leven. In 2012 telden Nederland, Duitsland en Denemarken bij elkaar 26.220 zeehonden, waarvan 7267 pups. De zeehonden worden geteld met laagwater, wanneer de meeste dieren op de zandplaten liggen. Eénderde van de zeehonden zwemt tijdens de tellingen waarschijnlijk nog in het water, zodat die er nog bij moeten worden opgeteld. Het totaal aantal gewone zeehonden in de hele Waddenzee wordt daarom geschat op 38.500 zeehonden. In de grafiek kun je zien hoeveel zeehonden er elk jaar geteld werden, van 1975 tot nu. Hierin zie je ook heel duidelijk de effecten van de twee virusuitbraken, de ene in 1988 en de andere in 2002.

Vroeger leefden er veel zeehonden in de Delta. Aan het begin van de 20ste eeuw zelfs tussen de 6000 en 12.000 dieren, geschat op basis van het aantal geschoten dieren. In de eeuwen daarvoor vingen jagers elk jaar honderden zeehonden in de Delta, maar de populatie was kennelijk groot en sterk genoeg om dat verlies aan te kunnen vullen. Rond 1935 werden de zeehonden in de Delta voor de eerste keer echt geteld, zo'n 1300 dieren. De populatie was afgenomen door de jacht met geweren.

In het verleden was het deltagebied naast de Waddenzee dus een belangrijk gebied voor de gewone zeehond in Nederland. Jammer genoeg ging het later niet zo goed meer met de zeehonden in de Delta. In 1990 leefden er nog maar 14 zeehonden. Dit kwam waarschijnlijk door de zware jachtdruk tot 1961 en daarna doordat de waterkwaliteit erg achteruitgegaan ging. Doordat er steeds meer recreatie en toerisme, visserij en scheepvaart kwam, werden de zeehonden bovendien steeds vaker verstoord. Daarbij verloren ze een groot deel van hun leefgebied door de aanleg van de Deltawerken. Sinds 1994 gaat het weer ietsje beter met de zeehonden in het deltagebied. In 2005 werden er weer meer dan 150 dieren geteld en in 2011 werden er in april zelfs 530 gezien. Voor de zeehonden is er genoeg eten te vinden. In de aangrenzende Voordelta en de Noordzeekustzone zit ongeveer evenveel of zelfs meer vis dan in de Waddenzee.

Zeevarenden zien zeehonden meestal in groepen op de kust of op de zandplaten in de Waddenzee liggen. Daarom dacht iedereen dat ze ook vooral in de buurt van de kust en de zandplaten lééfden. Maar toen een aantal zeehonden een zender kreeg, werd duidelijk dat zeehonden gebruik maken van een heel groot gebied, en dat ze niet alleen in de buurt van hun ligplaatsen leven.

IMARES werkt in Nederland aan het onderzoek met de gezenderde zeehonden. De eerste groep van negen zeehonden werd in 1997 uitgerust met zendertjes, bovenop hun kop. Het waren zeehonden die in gevangenschap waren geboren. Ze werden uitgezet  in het Brielse gat, in het Zuidhollandse deltagebied. Via deze zendertjes ontvingen de onderzoekers informatie over het gedrag van de zeehonden: waar gaan ze op jacht, waar zijn de voornaamste rustplekken, gaan er dieren over grotere afstanden zwerven en zo ja, waarheen?

Nu worden alleen nog wilde zeehonden gezenderd. Onderzoekers willen zo meer leren over de gebieden die voor zeehonden belangrijk zijn en of zeehonden last hebben van menselijke activiteiten, zoals schietoefeningen of heien. De zendertjes zitten vastgeplakt op de vacht van de zeehond. Als de zeehond in de rui komt, vallen ze er vanzelf af. De zenders zijn in de loop der jaren steeds kleiner geworden en zitten nu in de nek in plaats van op de kop.

In 1988 en 2002 werden de gewone zeehonden in de Noordzee en waddengebied besmet door een virus. Beide keren ging meer dan de helft van het aantal gewone zeehonden in de Waddenzee dood. Hoewel de zeehondenvirussen niet gevaarlijk waren voor mensen, is het altijd slim om uit de buurt te blijven van een zieke of dode zeehond. Dode dieren kunnen naast virussen andere ziektekiemen met zich meedragen, die slecht kunnen zijn voor je gezondheid. Daarnaast zijn sommige kwaaltjes die zeehonden kunnen hebben ook besmettelijk voor honden. 
In sommige jaren, zoals in het najaar van 2009 en 2011, worden plots veel meer zieke zeehonden gevonden die last hebben van longwormen. Hoewel zeehonden altijd wel wat van deze parasieten in hun longen hebben, zijn het er in die jaren soms zoveel dat ze er moeilijk door kunnen ademen. Zeehonden met een zware longworm-infectie hebben vaak veel bloed rond hun snoet en niesen de wormen zelfs uit. De oorzaak van het longwormen-probleem is nog onbekend.