De Waddenzee is UNESCO Werelderfgoed. Daarmee staat de Waddenzee op gelijke voet met wereldberoemde natuurwonderen als de Grand Canyon in de Verenigde Staten en het Great Barrier Reef in Australië, die eerder al door UNESCO tot Werelderfgoed zijn uitgeroepen.

Ecomare heeft zowel binnen als buiten een expositie over Werelderfgoed Waddenzee. Voor de ingang zijn luchtfoto’s van de Texelse fotograaf Pieter de Vries te zien. Deze foto's beslaan het  internationale Waddengebied.  In het museum is een fotowand gemaakt over de Nederlandse Waddenzee.