Het landschap van Fanø bestaat uit strand, duinen en kleigronden. Ook zijn er enkele eendenkooien te vinden. Het strand is zeer breed. Parallel aan de kust lopen zandbanken die aan de noordkant van het eiland met elkaar verbonden zijn. Op Fanø liggen zes duinenrijen. De duinen in het oosten zijn de oudste. Hier ligt het hoogste duin, de 'Kikkebjerg', 17 meter hoog. De duinen zijn begroeid met heide, en tussen de duinenrijen liggen vlaktes die gedeeltelijk door boeren gebruikt worden. Aan de zuidpunt van het eiland ontstond rond 1900 de landtong Hünen. De top van Hünen wordt dankzij kustverdedigingsmaatregelen tegen erosie beschermd.
In 1892 werd het duinbos aangeplant. De bossen in de duinen moesten het stuifzand vasthouden en de houtproductie ten goede komen. Tegenwoordig is dit bos geliefd bij recreanten. Er werden grove dennen aangeplant, maar hier en daar ook berken, eiken en beuken. In dit bos liggen enkele moerasgebieden. Aan de noordpunt van Fanø ligt een brede kwelder op zandgrond: 'Grünningen'.