Volgens de afspraken tussen de landen die grenzen aan de Waddenzee mag zandwinning in de beschermde delen van de Waddenzee alleen plaatsvinden om de vaargeulen te onderhouden en niet voor het winnen van zand. Wel kan voor lokale kustbeschermingsmaatregelen een vergunning worden verleend om toch buiten de grote vaargeulen zand te winnen. De winning moet zodanig plaatsvinden dat de gevolgen voor het milieu tot een minimum beperkt worden. Permanente of langdurige gevolgen moeten worden vermeden of, als dat niet mogelijk is, gecompenseerd.
De hoeveelheid zand die in de Nederlandse Waddenzee wordt gewonnen is geleidelijk afgenomen van ruim 3,5 miljoen kubieke meter in 1986 tot minder dan 1 miljoen kubieke meter in 1995. Deze afname is voornamelijk te danken aan de vermindering van de zandwinning in het Marsdiep. Zo'n 60% van het zand wordt gebruikt voor dijkversterking. Sinds 1998 worden geen ontgrondingsvergunningen voor zandwinning in de Waddenzee afgegeven. De winning brengt namelijk schade toe aan het milieu en veroorzaakt extra kustafslag op de Waddeneilanden. Vanaf 1999 is het alleen nog toegestaan om zand te winnen dat vrijkomt bij het uitvoeren van onderhoudswerken in de vaargeulen. In 2003 is op deze wijze ruim 436.000 kubieke meter zand naar de wal gebracht. Dat is 107.000 kuub meer dan in 2002.
In de Waddenzee bestaat een 'zandbalans' tussen het zand in de kustzone (tot waar de zee meer dan twintig meter diep is) en dat in de Waddenzee. Als uit een deel van het gebied zand weggehaald wordt, heeft dat uiteindelijk effect voor andere delen van het gebied. Tussen 1933 en 1975 vond in de Waddenzee ongeveer 200.000 kubieke meter aanzanding plaats. De erosie in het buitendeltagebied bleek van dezelfde orde van grootte. Sinds 1975 treedt erosie in de Waddenzee op; circa 40 miljoen kubieke meter zand verdween. De omvang van de zandwinning bleek ongeveer even groot. De effecten van de zandwinning uiten zich in verbreding van de geulen. Of er ook andere effecten zullen optreden, moet nog blijken. De effecten van de aanleg van de Afsluitdijk op de Waddenzee voltrokken zich ook pas na jaren. Een bijkomend probleem vormt de toenemende 'zandhonger' van de Waddenzee als de bodem daalt door gaswinning en een stijging van de zeespiegel.
Het benodigde zand voor woningbouw, waterstaatkundige werken, wegenbouw en de bloembollenteelt moet voortaan vooral uit het onderwaterdepot bij Den Helder uit de Noordzee komen.
Rijkswaterstaat gebruikt voor de ophoging van de Noordzeestranden nu al zand uit de Noordzee beneden de twintig meter lijn. Als daar zand weggehaald wordt, heeft dat nauwelijks of geen effecten op de zandbalans van het kustgebied.