Matige begrazing leidt tot meer variatie in een natuurterrein (variatie in soorten planten, soorten dieren, structuur en successiefasen) en voorkomt het ontstaan van bos. Begrazen verschilt van maaien doordat grazers niet overal even intensief grazen. Ook hebben de grazers door betreding en door de mest die zij laten vallen invloed op de variatie in een natuurgebied.
Deze positieve effecten treden alleen op als de begrazing niet te intensief is. Bij overbegrazing van het gebied, of van een deel van het gebied omdat dit voor de grazer het aantrekkelijkst is, neemt de biodiversiteit juist af. In broedgebieden kan het nodig zijn om ruim voor het begin van het broedseizoen de begrazing te stoppen. Het gras kan dan hoog genoeg worden om bijvoorbeeld grutto's en andere weidevogels voldoende dekking te bieden.
Begrazing heeft zowel uitgesproken voor- als tegenstanders. Wat enkele tientallen jaren geleden nog 'goed beheer' leek te zijn, laat nu, op langere termijn, toch veel nadelen zien. Er blijkt snel sprake van overbegrazing te zijn, waarbij de druk op andere organismen te groot wordt. Bovendien is begrazing moeilijk in de hand te houden omdat kuddes nu eenmaal van nature steeds groter worden. In 2007 blijkt uit een voorlopige inventarisatie van Staatsbosbeheer dat in het begraasde deel van de Oostvaardersplassen vrijwel alle vogelsoorten afgenomen zijn. Zeldzame soorten van ruigten en bossen zijn zelfs geheel verdwenen. Tussen 1997 en 2007 zijn 21 van de 91 broedvogelsoorten verdwenen. In 2008 stelde Staatsbosbeheer zich op het standpunt dat dit een logisch gevolg is van de keus voor grote grazers en grauwe ganzen en daarom aanvaard moet worden.
Op de voedselrijkdom van een gebied heeft begrazen grofweg twee effecten. De voedingsstoffen fosfaat en kalium blijven in het systeem, op een zeer kleine fractie na die in de vorm van vlees wordt afgevoerd. Pleksgewijs ontstaan voedselarme plekken (waar veel gegraasd wordt) en voedselrijke plekken (waar veel mest valt). Stikstof kan wel uit het systeem ontsnappen in de vorm van ammoniakdamp uit de urineplekken.