De Habitatrichtlijn verbiedt een activiteit als de beschermingszone erdoor wordt aangetast. Ook rept de Habitatrichtlijn over een 'behoorlijke beoordeling' van de milieu-effecten voordat een activiteit in de beschermingszone wordt toegestaan. Te beschermen habitats zijn onder meer 'permanent met zeewater van geringe diepte overstroomde zandbanken en estuaria' (dus wadden en slikken), diverse typen kustduinen en enkele soorten kwelders en schorren. De Waddenzee is bijna geheel aangemeld als beschermd gebied onder deze richtlijn. Voorbeelden van activiteiten die verboden zijn als gevolg van de richtlijn, zijn de kokkelvisserij in de Waddenzee, een aantal bouwplannen voor IJburg en het oorspronkelijke plan voor de Tweede Maasvlakte.
De volgende tabel geeft een overzicht van de Noordzee- en waddensoorten die in Annex II van de Habitatrichtlijn staan.
| groep | soorten | latijnse naam | bijzonderheden | habitat |
| weekdieren | Nauwe korfslak | Vertigo angustior | | coast |
| geleedpotigen | Gevlekte witsnuitlibel | Leucorrhinia pectoralis | | laagveen, duinen |
| vis | Zeeprik | Petromyzon marinus | trekvis | kustwateren, rivieren |
| | Rivierprik | Lampetra fluviatilis | trekvis | kustwateren, rivieren |
| | Elft | Alosa alosa | trekvis | kustwateren, rivieren |
| | Fint | Alosa fallax | trekvis | kustwateren, getijdengebieden |
| | Zalm | Salmo salar | trekvis | open zee en kustzeeën, rivieren |
| | Bittervoorn | Rhodeus seiceus amarus | | stilstaand of langzaam stromend water |
| | Kleine modderkruiper | Cobitis taenia | | stilstaand of langzaam stromend water |
| amfibieën | Rugstreeppad | Bufo calamita | | pioneermilieus |
| | Heikikker | Rana arvalis | van de waddeneilanden, alleen op Texel | gebieden met hoge grondwaterstand |
| reptielen | Zandhagedis | Lacerta agilis | van de waddeneilanden, alleen Vlieland en Terschelling | zandige, droge, open terreinen in heiden en duinen |
| vleermuizen | Gewone dwergvleermuis | Pipistrellus pipistrellus | | gesloten tot half open landschappen, in dorpen, steden, parken en tuinen |
| | Rosse vleermuis | Nyctalus noctula | woont in oude bomen | open, waterrijk landschap |
| | Watervleermuis | Myotis daubentonii | woont in bomen | half open tot gesloten waterrijk en bosrijk landschap |
| | Ruige dwergvleermuis | Pipistrellus nathusii | aanwezig in waddengebied vooral tijdens de trek | half open bosrijke landschappen |
| | Meervleermuis | Myotis dasycneme | kolonies in gebouwen | laagveen, zeeklei- en IJsselmeergebied |
| | Franjestaart | Myotis nattereri | gevonden in (houten) spleten, scheuren en spechtengaten | half open tot zeer dicht bos; kleinschalig, gesloten landschap |
| | Grootoorvleermuis | Plecotus auritus | | bosgebied op zandgronden |
| | Laatvlieger | Eptesicus serotinus | woont in gebouwen | relatief open gebieden |
| | Baardvleermuis | Myotis mystacinus | zomers nauwelijks aanwezig maar tijdens winterslaap meest aangetroffen soort | riviergebied, hogere zandgronden en heuvelland |
| | Noordse woelmuis | Microtus oeconomus arenicola | vijf gescheiden populaties | moeras, reed landen, overlanden van meren, beken en rivieren, drassige extensief gebruikte hooi- en weilanden |
| | Bruinvis | Phocaena phocaena | | ondiepe zeeën (tot 200 m) en kustwateren |
| | Grijze zeehond | Halichoerus grypus | voortplantingsgebieden zijn rotskusten, grotten, keizelstranden en zandbanken die droog blijven met hoogwater | kusten langs de Noordzee en Waddenzee |
| | Gewone zeehond | Phoca vitulina | plant zich voort in de Waddenzee | Wadden- en Noordzeeën |
| | Groenknolorchis | Liparis loeselii | vooral op de waddeneilanden gevonden | trilvenen en duinvalleien |
| Bron: Soorten van de Habitatrichtlijn, 2008 |
