Veel bodemdieren eten plankton, de vrijzwevende minuscule plantjes en diertjes van de zee, andere eten resten van dode zeebewoners. Bodemdieren zijn op hun beurt voedsel voor andere dieren in zee zoals bodembewonende vissen en sommige vogels. Bodemdieren hebben allerlei methodes ontwikkeld om hun voedsel uit het water te zeven of van de bodem op te zuigen of af te grazen.
Filtreerders zeven voedseldeeltjes uit het water. Zo steken zandkokerwormen tentakels uit hun koker. Ze vangen voedseldeeltjes met een kleverige vloeistof die langs die tentakels loopt. Schelpdieren zoals mosselen verzamelen voedseldeeltjes op het met trilharen bedekte oppervlak van hun kieuwen. Het voedsel wordt met die trilhaartjes naar de mond vervoerd.
Niet alle schelpdieren zijn uitsluitend filtreerders. Nonnetjes bijvoorbeeld hebben een instroomsifo in de vorm van een lang en beweeglijk slurfje, waarmee ze over het bodemoppervlak vegen en als een soort mini-stofzuigertje voedseldeeltjes opzuigen.
Wadpieren nemen hapjes van de bodem om daaruit in het darmkanaal het eetbare te verteren. Om aan voldoende voedsel te komen moeten deze dieren veel zand verwerken. Deze worm leeft in een u-vormige buis. Aan de ene kant van de buis eet het dier zand. In het lichaam worden alle eetbare zaken eruit gehaald. De rest perst de worm aan het andere uiteinde van de gang naar buiten in de vorm van de kronkelige hoopjes die op het wad liggen.
De slijkgarnaal, die in een woongang op het wad leeft, komt af en toe naar buiten om met zijn twee lange antennes het bovenste bodemlaagje af te schrapen. Dat neemt hij mee zijn gang in, waar het zaakje uitgezocht wordt op bruikbaar voedsel. Het niet-eetbare materiaal wordt weer buiten de woongang gedeponeerd.
Grazers onttrekken hun voedsel aan het bodemoppervlak. Zo kruipt het wadslakje over de wadbodem om de ééncellige algjes eraf te grazen.