In de 20e eeuw heeft de grote stern in Nederland drie keer te maken gekregen met een instorting van de aantallen. In het begin van die eeuw was de jacht op de grote stern zo groot dat het aantal broedparen bijna op nul beland was. De jacht ging vooral om de veren, die in die tijd de dameshoeden sierden. Vervolgens konden de vogels zich weer herstellen (naar ongeveer 46.000 broedparen) totdat in de Tweede Wereldoorlog de eieren van sterns in trek kwamen als eiwitbron voor de mensen. De derde instorting werd veroorzaakt door een vergiftiging met bestrijdingsmiddelen. De aantallen daalden daardoor van 30.000 naar 875 broedparen. Sindsdien is de grote stern nog lang niet hersteld. In goede jaren komen er ongeveer 400 paartjes bij. Het herstel duurt om twee redenen lang. Ten eerste wordt een grote stern pas laat volwassen en legt een paartje niet meer dan twee eieren per jaar. De tweede reden is voedselgebrek. Vooral het instorten van de haringstand rond 1990 kwam hard aan bij de sterns. De broedgebieden van de grote stern zijn van internationaal belang. Daarom is de grote stern beschermd via de Vogelrichtlijn van de EU. Dit betekent dat Nederland extra beschermde gebieden voor de soort moet instellen. Deze gebieden moeten schaars begroeid zijn, vlak langs voedselrijke delen van de kust liggen en niet te vaak verstoord worden door mensen en roofdieren. Er zijn niet veel van zulke gebieden.

Er zijn zeven grote kolonies van grote sterns in Nederland: de grootste drie zijn op Griend , de Hompelvoet (Grevelingenmeer) en de Hooge Platen (Zeeland). Daarnaast zijn nieuwe kolonies ontstaan op Schiermonnikoog, Rottumerplaat en Texel. Ook het oostelijk deel van Terschelling, de Boschplaat, is een populaire broedplaats. In juni 2004 veroorzaakte een storm enorme sterfte onder de jonge sterns op Griend. Beheerder Otto Overdijk van Natuurmonumenten schatte dat 90% van de kuikens op Griend was verdronken.