Sinds het einde van de jaren tachtig van de vorige eeuw wordt op regeringsniveau erkend dat de Voordelta een uniek gebied aan het worden is. Het is één van de weinige gebieden in Nederland waar de natuur vrijwel onbelemmerd haar eigen weg kan gaan.
Na enkele jaren voorbereiding kon in mei 1992 een ontwerp-beleidsnota worden vastgesteld. In 1993 is het beleidsplan goedgekeurd door het kabinet. De ondertekening van de bestuursovereenkomst door de elf betrokken gemeenten, twee provincies, het Rijk, waterschappen en de natuur- en recreatie-organisaties vond op 11 oktober 1993 plaats. De gemeente Westvoorne tekende als enige niet. Deze gemeente is het niet eens met het laten verdwijnen van het autostrand bij Rockanje, waar bezoekers het hele jaar door met de auto het strand op mogen.
Het beleidsplan is opgesteld voor de periode tot het jaar 2000. De zeewaartse begrenzing van het plangebied valt samen met de ligging van de NAP -20 meter dieptelijn, min of meer de zeewaartse begrenzing van de onderwateroever. De noordelijke begrenzing wordt gevormd door de Maasgeul, de zuidelijke begrenzing sluit aan op de plangrens van het Beleidsplan Westerschelde.
Uitgangspunt van het beleidsplan is dat de natuur de kans moet krijgen zelf een nieuw evenwicht te vinden. Een dynamisch evenwicht, omdat van stilstand in de Noordzee nooit sprake zal zijn. Menselijke ingrepen worden zoveel mogelijk beperkt. De neiging om de opkomende banken met opspuitingen te helpen, hebben de deskundigen moeten onderdrukken. Eén keer per jaar wordt de gehele Voordelta 'opgenomen' en 'gemeten'. Dit gebeurt al vanaf 1984, zodat exact bijgehouden kan worden wat er in het gebied aan flora en fauna wijzigt.
In de Voordelta kunnen vier gebieden te maken krijgen met een forse beperking van de recreatie en visserij. Het gaat om gebieden voor de kust van Voorne-Putten en Goeree-Overflakkee, de monding van het Haringvliet en de Grevelingen. Door de voorgestelde sluiting van een deel van dit gebied voor alle vormen van visserij zal de vangst van kokkels flink gaan dalen. Volgens Van Stralen (RIVO) kan de aanvoer van kokkels tot de helft, mogelijk zelfs tot een kwart teruglopen.
De Zeeuwse Milieufederatie en Vereniging Natuurmonumenten vinden dat Rijkswaterstaat niet ver genoeg gaat met beschermende maatregelen. De twee organisaties maken deel uit van het Delta-overleg, dat de plannen van Rijkswaterstaat met de Voordelta vanaf het begin kritisch heeft bekeken. Het Delta-overleg wil dat de landelijke overheid de Voordelta tot natuurmonument verheft.
De schelpdiervisserijsector heeft inmiddels zelf, in de vorm van het Beheersplan Schelpdiervisserij, omschreven op welke manier zij de visserij in de Voordelta willen beperken. Landaanwinning mag alleen plaatsvinden ter hoogte van de Maasvlakte. Aanleg van de Slufter, een baggerdepot op de Maasvlakte heeft overigens ook geleid tot veranderingen in de Voordelta. De belasting van het gebied door militaire oefeningen zal worden beperkt.