Het landschap van Fanø bestaat uit duinen, strand en kleigronden. Ook zijn er enkele eendenkooien te vinden. Het strand is hier zeer breed. Parallel aan de kust lopen zandbanken die aan de noordkant van het eiland met elkaar verbonden zijn.Op Fanø liggen zes duinenrijen, die zijn ontstaan uit de grote hoeveelheden aangespoeld zand. De duinen in het oosten zijn de oudste op het eiland. Hier bevindt zich ook het hoogste duin, de 'Kikkebjerg' (17 meter). De duinen zijn begroeid met heide, en tussen de duinenrijen liggen vlaktes die gedeeltelijk agrarisch gebruikt worden.
Bij de zuidpunt van het eiland ontstond rond 1900 de landtong Hünen, bestaande uit duinen en kwelders. De top van Hünen wordt dankzij kustverdedigingsmaatregelen tegen erosie beschermd.
In 1892 werd het 1.162 hectare grote duinbos aangeplant. De bebossing in de duinen moest het stuifzand vasthouden en de houtproductie ten goede komen. Tegenwoordig is dit bos ook geliefd bij recreanten. Er werden vooral verschillende soorten grove dennen aangeplant, maar hier en daar ook loofbomen, zoals berken, eiken en beuken. In dit bos liggen enkele moerasgebieden, die qua omvang variëren.
Aan de noordpunt van Fanø vindt men een brede kwelder: 'Grünningen'. Deze kwelder lijkt qua vegetatie niet op de kwelders langs de oostkust van Fanø die vroeger als hooiland gebruikt werden. Grünningen is op een zandbank ontstaan, terwijl de kwelders aan de oostkust een ondergrond van klei hebben. De kleigronden op Fanø worden deels als weiland gebruikt, maar er wordt ook riet geoogst.