Binnen het waddengebied vervullen zowel Rottumerplaat als Rottumeroog een belangrijke functie als rust- en foerageergebied voor vogelsoorten die een voorkeur hebben voor strandvlakten en zandplaten. Voorbeelden hiervan zijn de drieteenstrandloper, de bonte strandloper en de strandplevier. Op Rottumerplaat en Rottumeroog broeden ook grote aantallen kustvogels. Voorbeelden hiervan zijn de eidereend, bergeend, noordse stern, visdief, dwergstern, strandplevier en bontbekplevier.
Sinds het beheer van het eiland in het begin van de jaren negentig van de vorige eeuw min of meer is stopgezet heeft in ieder geval één vogelsoort daar van geprofiteerd: de grote stern vestigde zich in 1996 als broedvogel op Rottumerplaat. In 1998 was er al sprake van een grote broedkolonie van 2335 paartjes van deze vrij zeldzame vogel.
De beide eilanden en de wadplaten ten zuiden ervan vallen onder de strengste bepalingen van de Natuurbeschermingswet (artikel 17). Rottumerplaat is het gehele jaar gesloten voor publiek. Van 25 april tot 18 augustus is er bewaking op de eilanden, evenals in de weekeinden in het voor- en naseizoen.
Het waddenlandschap te zuiden van Rottumeroog en Rottumerplaat is een voor de schelpdiervisserij gesloten gebied. Ook de NAM mag hier geen definitieve activiteiten ondernemen: exploitatie van de gasvoorraden in de buurt van de eilanden zal vanaf de Noordzee moeten gebeuren.
Op heel Rottumerplaat staan twee gebouwen: de uitkijktoren ('het drenkelingenhuis') en een gebouw van Staatsbosbeheer. Daar verblijven de vrijwilligers die bij hoge uitzondering op het eiland mogen verblijven om de natuur te inventariseren.