De vis in een kwekerij krijgt eiwitrijk voedsel. Dat bestaat uit vismeel afkomstig van de industrievisserij. Om één ton zalm te produceren moet 3,3 ton zandspiering en sprot tot vismeel worden verwerkt. Hoewel dit geen consumptievissen zijn, vormen ze wel een belangrijke schakel in de voedelketen in zee en wordt het idee dat viskweek de druk op de visbestanden zou verlichten zo toch wel dubieus. In 2003 werd een derde van de 96 miljoen ton vis die jaarlijks werd gevangen gebruikt voor de productie van visvoer. Tegenwoordig wordt krill vaak gebruikt als alternatief voor de vis in het voer, maar dit kleine garnaaltje dat hiervoor in grote hoeveelheden wordt gevangen in het koude water rond de Zuidpool, is ook één van de voornaamste voedselbronnen voor de walvis. Wanneer er steeds meer krill gebruikt wordt, zal dit uiteindelijk gevolgen hebben voor de walvisstand. Op dit moment wordt er onderzoek gedaan naar vegetarisch visvoer. Zo kan sojaolie al gedeeltelijk als vervanger voor visolie dienen.
Biologische kweekzalm wordt gevoerd met afval van de visverwerkende industrieën.
Onderzoekers van de Stanford Universiteit in Californië waarschuwden in 2000 dat het kweken van vis in gevangenschap een gevaar voor de wereldvoorraad vis is. De oceanen worden namelijk leeggevist om de vleesetende exemplaren in kweeksystemen te voeden. De onderzoekers raden daarom aan dat er gezocht moet worden naar commerciële vissoorten die alleen planten eten. Een andere oplossing is vissen sowieso een vegetarische dieet te geven. Volgens RIVO (nu IMARES) kan kabeljauw heel goed groeien op een dieet van lijnzaadolie en soja. 'Vegetarische vis' bevatten minder gezonde vetzuren dan vis-etende vis, maar het blijft nog gezonder dan vlees, volgens een toenmalige RIVO onderzoeker.
Bij de teelt van vis worden vaak diergeneesmiddelen ingezet om de dicht opeengepakte vissen gezond te houden. Resten van deze medicijnen kunnen in de vis achterblijven en worden dus geconsumeerd, de rest van de geneesmiddelen komt in het zeemilieu terecht. De Nederlandse Vereniging van Viskwekers is zich hiervan bewust en vraagt aan haar leden zorg te dragen voor een goede registratie van de geneesmiddelen en een goede bedrijfsvoering, zodat het niveau van resten van geneesmiddelen in de visproducten laag blijft. Nutreco heeft al sinds 1995 geen antibiotica gebruikt op kwekerijen in Noorwegen.
Een ander nadeel, zo is gebleken uit onderzoek in Noorwegen, zijn de emissies van nutriënten afkomstig uit de uitwerpselen van de vis. In 2000 zijn de 800 viskwekerijen in dit land de grootste bron van fosfaten en de op een na grootste van stikstof. Ter vergelijking: de Noorse zalmindustrie produceert even veel stikstof als er in het onbehandeld rioolwater van 3,9 miljoen mensen zit. Deze emissies zorgen voor eutrofiëring en grootschalige algenbloei voor de kust.
De Nederlandse viskwekerijen maken gebruik van circulatiesystemen waarbij het water steeds gefilterd, gezuiverd en opnieuw gebruikt wordt. Problemen met ammoniak en nitraat zijn bij deze vorm van viskweek opgelost.
Ook kunnen visziekten overgedragen worden van ontsnapte kweekvis naar wilde exemplaren. Er wordt geschat dat tienduizenden kweekzalmen jaarlijks ontsnappen. Minstens de helft van de wilde zalm die in aanraking komt met gekweekte soortgenoten, sterft. Ziekten als zalmluis zijn hier in grote mate schuldig aan. In Noorwegen is in maart 2000 begonnen met het vernietigen van 700.000 zalmen in een kwekerij omdat de voor zalmen dodelijke ziekte ISA was vastgesteld. In 2007 verschijnen alarmerende berichten over mogelijk uitsterven van de wilde zalm in het noordwesten van Canada door de zalmparasiet. Deze parasiet is afkomstig uit de viskwekerijen en zal, bij verdere verspreiding, binnen vier jaar 99 procent van de wilde zalm het leven kosten. Door de parasiet is tot 2008 al tachtig procent gedood.
Ook ontsnapte kweekvis kan een probleem worden. Zo kruisen ontsnapte kweekzalmen met wilde zalmen. De kweekzalm, en in mindere mate de kruising, mist het vermogen om terug te kunnen keren van zee naar de rivier om te paaien. Uiteindelijk zal dit de overlevingskans van de wilde zalm verminderen. In Noorwegen is uit onderzoek in 2003 gebleken dat één op de vier in het wild gevangen zalmen ontsnapt zijn uit een kweekbak. In Schotland ontsnapten er in 2006 zo'n 157 duizend kweekzalmen.
Volgens Greenpeace en het Wereld Natuur Fonds zijn de problemen rond visziekten en ontsnappingen te voorkomen door het kweken van zalm in gesloten systemen op het land. Er is echter nog geen techniek voor dergelijke grootschalige systemen en het dierenwelzijn op het land is moeilijker te waarborgen. De viskwekerijen zijn terughoudend door de hoge kosten en de groeiende concurrentie.
In Noord-Holland is veel belangstelling voor kweek op het land voor paling en snoekbaarzen. Pilotprojecten worden tussen 2008 en 2010 uitgewerkt.