Toen de zeewerende dijken steeds betrouwbaarder werden, verloren de terpen hun functie als vluchtplaats bij stormvloeden. Men begon de vruchtbare terpaarde af te graven en als mest te gebruiken op de landbouwgronden. In Friesland is vrijwel geen enkele terp aan de afgraverij ontsnapt. Omdat de terpen zoveel geld opleverden, moesten de eigenaars meer belasting betalen. Dit stimuleerde het afgraven juist, want daardoor werd de terp kleiner en kon er vruchtbare aarde verkocht worden.
In Noord-Nederland is zo tussen 1850 en 1950 al 60% van de terpen verdwenen. Maar ook door de akkerbouw op de terpen zelf zijn de terpen eeuwenlang afgesleten. Elke keer als een boer zijn land ploegt verdwijnt er weer een laag van 2 tot 3 centimeter aarde. Zo is een terp bij Peins, ten oosten van Franeker, al ernstig aangetast. In de Middeleeuwen was de terp 3 tot 4 meter hoog, nu niet eens 2 meter. De boeren bij Peins ploegen nu al in de bewoningslaag uit de Romeinse tijd, alle lagen daar boven zijn dus verdwenen.
Een ander gevaar is verdroging door een verlaging van het grondwaterpeil. Dit heeft dramatische gevolgen voor het archeologisch erfgoed: houten pollepels uit de Romeinse tijd, schedels, sieraden die niet van edelmetaal zijn: zodra er lucht bij de voorwerpen komt gaan ze rotten. De inhoud van de terp wordt dan 'onleesbaar', zoals archeologen dat noemen. En dat is heel jammer, want veel informatie over de gouden eeuw van de Friese geschiedenis gaat op deze manier verloren.
Omdat het zo slecht gaat met de terpen kwam de provincie Friesland in 2006 met het plan om boeren een subsidie van enkele honderden euro's te geven voor terpvriendelijk onderhoud. Er mag geen schaalvergroting van de landbouw plaatsvinden en er mag niet geoogst worden wanneer het regent, omdat het water dan via diepe tractorsporen de terp kan uitslijten. Mogelijk gaat de provincie ook terpen aankopen.