Het grondbeginsel van het Trilaterale Waddenzeebeleid, zoals verwoordt in de verklaring van Esbjerg uit 1991, is 'het verwezenlijken, voor zover mogelijk, van een natuurlijk en duurzaam ecosysteem, waarin natuurlijke processen op ongestoorde wijze kunnen plaatsvinden'. Het beginsel betreft de bescherming van het getijdengebied, kwelders, stranden en duinen.
Er zijn zeven beginselen aangenomen, die essentieel zijn bij de besluitvorming met betrekking tot de bescherming en het beheer van het Samenwerkingsgebied:
1. Het beginsel van zorgvuldige besluitvorming. Besluiten moeten worden genomen op grond van de beste beschikbare informatie.
2. Het vermijdingsbeginsel. Activiteiten die mogelijk schadelijk zijn voor de Waddenzee moeten worden vermeden.
3. Het voorzorgbeginsel. Er zal worden opgetreden om activiteiten te voorkomen waarvan wordt verondersteld dat zij het milieu ernstig zullen schaden. Dit zal ook gebeuren zelfs wanneer er niet voldoende wetenschappelijk bewijs is voor een oorzakelijk verband.
4. Het verplaatsingsbeginsel. Activiteiten die het milieu van de Waddenzee schaden worden verplaatst naar gebieden waar zij minder milieuschade veroorzaken.
5. Het compensatiebeginsel. Compenserende maatregelen moeten worden getroffen voor de schadelijke gevolgen van activiteiten die niet kunnen worden vermeden.
6. Het herstelbeginsel. Waar mogelijk worden delen van de Waddenzee hersteld, indien uit referentiestudies blijkt dat de bestaande toestand niet optimaal is en dat de oorspronkelijke toestand terug kan keren.
7. het beginsel van de beste beschikbare technieken en het beginsel aan de beste milieuveilige handelwijze. Als activiteiten toch plaatsvinden moeten deze gebeuren met behulp van de beste beschikbare technieken en de grootst mogelijke zorgvuldigheid.
Voorkomen moet worden dat bewoners van het waddengebied op onredelijke wijze worden geschaad in hun belangen of in hun traditionele gebruik van de Waddenzee. Belangen van gebruikers moeten naar redelijkheid en billijkheid worden gewogen met inachtneming van zowel het algemene doel van bescherming als de belangen van de betrokken partijen.