Die Landschaft von Fanø besteht aus Dünen, Strand und Marsch. Zudem gibt es hier Salzwiesen und Strandwiesen, sowie Wälder, die aus Anpflanzungen entstanden sind.
Der Strand von Fanø ist sehr breit. Parallel zur Küste verlaufen Sandbänke, die sich an der Nordspitze der Insel anlagern. Aus dem reichlich angespülten Sand entstehen die Dünen. Auf Fanø gibt es sechs Dünengürtel. Die Dünen im Osten sind die Ältesten auf der Insel. Dort befindet sich auch mit 17 m die höchste Düne, der Kikkebjerg. Die Dünen sind mit Heidevegetation bewachsen. Zwischen den Dünengürteln liegen ebene Flächen, die z.T. landwirtschaftlich genutzt werden. An der Südspitze der Insel entstand erst um 1900 Hünen, eine Landzunge aus Dünen und Salziwesen. Die Spitze von Hünen wird durch Küstenschutzmaßnahmen vor dem Abbruch geschützt.
1892 wurde die 1162 ha große Fanø Klitplantage (=Dünenwald) angepflanzt. Diese Aufforstung in den Dünen sollte den Flugsand festlegen und der Holzproduktion dienen. Heute ist dieser Forst auch ein beliebtes Ziel für Ausflügler. Es wurden hier hauptsächlich Kiefernarten angepflanzt, dazwischen finden sich aber auch Laubbäume, wie Birken, Eichen und Buchen. In diesem Wald liegen Sumpfgebiete verschiedener Größe. An der Nordspitze Fanøs befindet sich eine breite Strandwiese, Grünningen. Diese Strandwiese ähnelt von ihrer Vegetation nicht den Salzwiesen, die sich an der Ostküste Fanøs entlang ziehen und früher als Heuland genutzt wurden. Grünningen ist auf einer Sandbank entstanden, die Salzwiesen an der Ostküste dagegen haben einen Kleiuntergrund. Die Marsch auf Fanø wird teilweise als Weideland genutzt, aber auch Schilf (Reet) wird hier geerntet.